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MPbio 当植物样本遇上三代测序:HMW DNA提取如何兼顾完整性、纯度与通量?

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随着PacBio、Nanopore等三代测序平台的快速发展,植物基因组测序项目对高质量HMW DNA(高分子量DNA)的需求持续增长。由于三代测序无需PCR扩增,其对DNA完整性、纯度及总量要求明显高于常规二代测序。

然而,植物样本本身复杂性较高,尤其是:

  • 多糖、多酚含量高

  • 不同植物物种间差异大

  • 在保证充分裂解的同时尽可能减少DNA剪切损伤

这些导致三代测序中植物基因组DNA提取难度明显增加。而目前行业内的主流提取方案仍然采用液氮研磨搭配手提法如CTAB法或酚氯仿法等。在实际操作中,往往存在以下问题:

  • 操作步骤繁琐,严重依赖人工经验

  • 通量低,难以满足批量项目需求

  • 提取流程耗时长

  • 不同样本间一致性差

  • 困难样本得率、纯度与完整性难兼顾


MP 植物三代测序解决方案

针对植物三代测序项目,MPbio可提供从样本裂解、HMW DNA提取到DNA片段化的整体解决方案。

方案特点
  • 既可搭配机械研磨提高通量也可以搭配传统液氮研磨法处理

  • 专用于三代测序的HMW DNA提取方案:MP提供针对植物HMW DNA提取优化的磁珠法试剂盒满足大部分常规三代测序需求。

  • 支持自动化与高通量提取:更加适用于三代测序公司的规模化项目需求,大大降低人工成本。

  • 提供产品定制服务:不同测序平台、不同样本类型,对DNA长度、纯度及总量要求往往存在差异,MP可根据客户实际需求提供定制化服务。

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案例分享

1:常规植物样本(绿萝、小麦、水稻等常见植物叶片)提取效果

MP 机械研磨方案搭配专用的磁珠法HMW DNA提取试剂盒

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【结果分析】:条带>20 kb,电泳条带锐利、无弥散拖尾现象

备注】:本结果为某实验室的项目需求。针对具体实验需求,MP可灵活优化提取方案,满足不同客户需求。

2:困难样本(女贞属树叶)的提取效果

液氮研磨方案搭配专用的磁珠法HMW DNA提取试剂盒

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【结果分析】:针对复杂的树叶叶片(富含多糖多酚及色素)提取片段完整性良好,片段长度>48kb,满足常规三代测序提取要求。


北京拜尔迪生物技术有限公司(BioDee),成立于2003年,高新技术企业,专业从事生命科学方面的服务,为客户提供试剂、耗材、仪器及技术服务等一站式产品与服务,涵盖细胞生物学、微生物学、植物学、分子生物学、生物化学、免疫学等领域。

北京拜尔迪生物是多个进口品牌和优秀国产品牌的授权代理商,包括FUJIFILM WakoYakultThermoFisher OXOIDMP BiomedicalsINALCOAmbeedAbmole、百瑞极Biorigin、近岸蛋白novoprotein、模基MogengelABW)、博奥森bioss、逸漠生物IMMOCELL、百迪科技、巴罗克Biologix、源叶生物、EFLEngineering For Life)、lonsera、艾方生物、云克隆Cloud-Clone、海博生物、北纳生物、赛宁、倍沃Biomiga、南京建成、碧云天、武汉华美Cusabio、江莱生物、江苏晶美、阿拉丁、一品众合、欣友等品牌,同时经营NEBBiolegendabcamsanta curzR&D SystemsSigmaMilliporeSARTORIUSThermoFisherCorningCytivaBio-RadPromegaTakaraQIAGENTOYOBOmegazymeinvent等品牌。

北京拜尔迪生物主营产品包括细胞培养基、基质胶、类器官、血清、细胞系、细胞染色试剂、细胞活力/凋亡检测试剂盒、缓冲液、重组蛋白及多肽、一抗、二抗、ELISA试剂盒、western blot系列、蛋白纯化、核酸提取、PCR试剂盒、植物/微生物干粉培养基、酵母筛选培养基、生化检测试剂盒、抑制剂、标准品、植物生长调节剂、抗生素、氨基酸等试剂和试剂盒,培养板//皿、细胞滤网、小室、冻存管、PCR管、离心管、移液管、吸头、加样槽、透析袋、滤器等实验耗材,以及仪器和技术服务等。

凭借专业的服务团队与充足的现货库存,北京拜尔迪生物已与国内多所高校、科研院所及医疗机构建立稳定合作,始终以“为科研工作者提供优质产品与服务”为宗旨,助力国内生命科学研究与世界前沿同步。

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